Tout comme les trois semaines, Le Omer était à l’origine une période joyeuse, entre la fête de la sortie d’Égypte et celle du don de la Torah. Néanmoins, le Talmud (Yevamot 62:2) nous enseigne qu’au temps de Rabbi Akiva, 24.000 de ses étudiants moururent d’une mystérieuse plaie d’origine divine, "parce qu’ils ne se respectaient pas mutuellement". Les Juifs célèbrent Lag Ba’omer comme le jour où cessa cette plaie.

Certains, dont le Rav Adin Steinsalz (Source :"Personnages du Talmud"), estiment que cette plaie était l’armée romaine, et que la première génération d’étudiants de Rabbi Akiva mourut lors de la révolte de Bar Kokhba, dans laquelle Rabbi Akiva fut une figure majeure. Peut-être estima-t-il que la défaite de Bar Kokhba trouve sa source dans l’incoordination de ses étudiants, "parce qu’ils ne se respectaient pas mutuellement".

Cette interprétation rendrait également compte de la coutume d’allumer des feux de joie le soir de Lag Ba’omer, car ces feux étaient utilisés, à l’époque des faits évoqués, comme signaux en temps de guerre. Ce jour est également l’anniversaire de la mort (Yahrzeit (ashkénaze) ou Hilloula (sépharade)) de Rabbi Shimon bar Yohaï, le grand Sage auquel on attribue le Zohar, ou au moins son noyau.

Rabbi Shimon bar Yohaï faisant partie de la seconde génération d’élèves de Rabbi Akiva, et s’étant révolté comme lui contre le pouvoir romain au point de devoir vivre dans la clandestinité, il n’est pas impossible que ces deux événements soient liés, qu’on célèbre la fin de la disparition de Sages avec un Sage qui a perduré, et même prospéré.

"Lag" (33) n’est pas vraiment un mot : aux temps où les chiffres arabes n’avaient pas encore été adoptés, l’alphabet hébreu était alphanumérique, c’est-à-dire que les lettres avaient une valeur numérique (ce système est à la base de la guematria, et donc encore utilisé de nos jours par ceux qui la pratiquent). Dans ce système alphanumérique, 33 est transcrit : lamed guimel, Lamed ayant pour valeur 30, guimel 3.

Lag Ba’Omer signifie "le 33ème jour du décompte du "Omer", lequel commence le second soir de Pessa’h en Diaspora, le premier en Israël et s’achève au cinquantième jour à Shavouot. Pour les Tunisiens lag Baomer est le jour du Pèlerinage à la Ghriba de Djerba.